鼻腔自我保护系统主要是这样工作的：从鼻孔吸入的空气，首先碰到的是鼻前庭中的鼻毛，这些鼻毛就像一排排防护林，将空气中较大的灰尘微粒或微生物阻挡在鼻前庭处。空气再往里走，就会遇到不停向鼻后腔方向摆动的鼻纤毛，同时鼻粘膜会分泌粘液将空气尘埃微粒或病原微生物粘住，并被鼻纤毛送到鼻腔，在喉咙处形成痰被咳出或咽入胃中由胃酸把细菌消灭。而且鼻粘液中还含有一种溶菌酶能抑制或杀死部分病毒及细菌。
另外，鼻粘膜除了不断地分泌粘液外还蒸发大量的水分到空气中，这样就能一直保持着鼻腔的湿润，同时也保证了吸入鼻腔的空气相对潮湿。
