主要应与下列两种疾病鉴别：
1、肛裂，肛裂以肛门周期性疼痛、便秘、大便带血为主症。其疼痛程度较肛隐窝炎重，疼痛时间亦较长。
2、肛周脓肿，是肛隐窝炎进一步发展的结果，主要表现为肛周疼痛，逐渐加重，酿脓时呈鸡啄样痛，伴恶寒发热等症，血常规检查白细胞明显增多，中性粒细胞亦升高。
