环境因素主要是母亲怀孕早期(怀孕3个月以前)出现下述某种状况可能会导致宝宝唇腭裂：病毒感染：如孕妇上呼吸道感染、风疹等。药物：癫痫药、类胆固醇、抗过敏、抗癌药物等。内分泌：精神性或损伤性的因素，如遭到强烈的精神刺激、身体外部遭损伤等。营养因素：早孕期的呕吐，厌食，偏食等导致维生素D、叶酸、铁、钙等的缺乏。其他因素：如照射X射线、吸烟、酗酒、缺氧。另外，唇腭裂有相当部分是遗传的，一般唇腭裂发生在第一胎的概率为1/600，如果第一胎是唇腭裂的在第二胎发生唇腭裂的几率为3/100。
