本病应与由柯萨奇A病毒引起的疱疹性咽峡炎相鉴别。
可根据症状和特征性口腔损害作出诊断：最好通过从损害处分离到病毒或通过特征性抗体滴度升高加以证实，但这些检查并不推荐常规采用。鉴别诊断包括疱疹性口腔炎(特点为任何季节均可发病，呈现更大的，持续更久的溃疡)，复发性口疮和Bednar口疮(很少发生于咽部，而已一般无全身症状)。柯萨奇A组10型病毒也会引起类似病变(淋巴结性咽炎)，但口咽部损害突出，呈现白色到黄色小结，治疗为对症处理。
