克雷白杆菌属感染临床应注意与肺炎链球菌感染相鉴别。
肺炎链球菌感染:肺炎链球菌通常寄居于正常人的鼻咽腔，多数不致病，只有少数有毒力。当机体抵抗力下降时常可侵入肺组织引起肺炎， 此外尚可致、 和化脓性脑膜炎等。肺炎链球菌性肺炎旧称大叶性肺炎(占院外获得性肺炎的90%)，典型症状为突发寒战、高热、胸痛、咳嗽和铁锈色痰等。首选青霉素G治疗,对青霉素过敏或临床上未能排除军团菌肺炎者应选用红霉素。预后一般良好，抗生素治疗多可恢复。但高龄患者、合并菌血症、多叶病变、、化脓性脑膜炎时病死率明显增高.
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