显微镜检查是粪便常规检查必不可少的内容。最常用的是直接湿片法镜检，以观察粪便中有无细胞、虫卵、原虫、各种消化后的食物残渣等。显微化学反应或染色方法镜检主要用于识别脂肪、淀粉颗粒等。
上皮细胞或白细胞：0～偶见/HP。
(1)大量红细胞：便血(下消化道出血)、细菌性痢疾(痢疾)、溃疡性结肠炎、结肠癌等。 (2)大量白细胞、少量红细胞和上皮细胞：细菌性痢疾。 (3)白细胞：中性多形核白细胞(志贺氏菌属感染、沙门菌属感染、侵袭性大肠杆菌性结肠炎、溃疡性结肠炎)、单核白细胞(伤寒)、嗜酸性白细胞：阿米巴痢疾、肠易激综合征(过敏性结肠炎)、钩虫病等。 (4)大量上皮细胞：慢性肠炎、假膜性肠炎。 (5)吞噬细胞：细菌性痢疾、溃疡性结肠炎。 (6)肿瘤细胞：乙状结肠癌、直肠癌。 (7)酵母细胞：无临床意义。
