正常人的肠道中栖居的微生物种类和数量繁多，组成了对人类健康极为重要的体内微生态环境——微生态菌膜屏障，参与营养、消化、吸收及清洁肠道、维护健康的作用。当致病菌和病毒在肠道内繁殖，就会引起腹痛、腹泻。对粪便进行细菌培养，可以从肠道大量细菌中分离出引起腹痛、腹泻的病原菌，以便及时进行治疗。
正常人粪便中无致病菌生长。
粪便中常见的肠道致病菌： 革兰阳性菌：有金黄色葡萄球菌、厌氧链球菌、结核分枝杆菌、白色念球菌、产气荚膜梭菌、难辨梭菌等。 革兰阴性菌：有伤寒及其他沙门菌、痢疾志贺杆菌、致病性大肠杆菌、弧菌属、产气单胞菌、邻单胞菌、小肠结肠炎耶尔森菌、弯曲菌等。 上述这些细菌均可引起肠道疾病，如伤寒杆菌引起伤寒病;各种沙门菌引起肠炎;志贺菌引起痢疾;致病性大肠埃希菌和弯曲菌引起腹泻。若粪便培养发现烈性传染病菌，如霍乱、副霍乱，应迅速报告当地防疫部门，患者立即隔离。
